Het Nederlands Instituut voor Sport en Bewegen (NISB) voert, in samenwerking met de Nederlandse Sport Alliantie (NSA), de landelijke coördinatie uit en ondersteunt de bonden, gemeenten en verenigingen bij de uitvoering van Meedoen. Het Mulier Instituut verzorgt de monitoring voor dit programma.
Tevens worden binnen Meedoen landelijk vijftig zogenaamde sportzorgtrajecten uitgevoerd. Dat zijn speciale sporttrajecten bij sportverenigingen voor jongeren waarvoor een indicatie voor jeugdzorg door Bureau Jeugdzorg is afgegeven. De gedachte is dat deze jongeren binnen het kader van hun behandeling gebaat kunnen zijn bij deelname aan sport. MOgroep Jeugdzorg voert het programmamanagement van deze sportzorgtrajecten uit . Onderzoekers van DSP-groep volgden deze trajecten op de voet.